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中华人民共和国教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。教育部直属的普通高校共有75所。其中北京市最多，共有24所， 以下是具体名单。
| 地区 | 学校名称 | 一流学科建设名单 |
| 北京(24所) | 清华大学 | 法学、政治学、马克思主义理论、数学、物理学、化学、生物学、力学、机械工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、水利工程、化学工程与技术、核科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、管理科学与工程、工商管理、公共管理、设计学、会计与金融、经济学和计量经济学、统计学与运筹学、现代语言学 |
| 北京 | 北京大学 | 哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、马克思主义理论、心理学、中国语言文学、外国语言文学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、地理学、地球物理学、地质学、生物学、生态学、统计学、力学、材料科学与工程、电子科学与技术、控制科学与工程、计算机科学与技术、环境科学与工程、软件工程、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学、艺术学理论、现代语言学、语言学、机械及航空航天和制造工程、商业与管理、社会政策与管理 |
| 北京 | 中国人民大学 | 哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、马克思主义理论、新闻传播学、中国史、统计学、工商管理、农林经济管理、公共管理、图书情报与档案管理 |
| 北京 | 北京交通大学 | 系统科学 |
| 北京 | 北京语言大学 | — |
| 北京 | 中央戏剧学院 | 戏剧与影视学 |
| 北京 | 中央美术学院 | 美术学、设计学 |
| 北京 | 北京科技大学 | 科学技术史、材料科学与工程、冶金工程、矿业工程 |
| 北京 | 北京化工大学 | 化学工程与技术(自定) |
| 北京 | 北京邮电大学 | 信息与通信工程、计算机科学与技术 |
| 北京 | 中国农业大学 | 生物学、农业工程、食品科学与工程、作物学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、草学 |
| 北京 | 北京林业大学 | 风景园林学、林学 |
| 北京 | 中国传媒大学 | 新闻传播学、戏剧与影视学 |
| 北京 | 北京师范大学 | 教育学、心理学、中国语言文学、中国史、数学、地理学、系统科学、生态学、环境科学与工程、戏剧与影视学、语言学 |
| 北京 | 中央音乐学院 | 音乐与舞蹈学 |
| 北京 | 对外经济贸易大学 | 应用经济学(自定) |
| 北京 | 北京中医药大学 | 中医学、中西医结合、中药学 |
| 北京 | 北京外国语大学 | 外国语言文学 |
| 北京 | 中国地质大学(北京) | 地质学、地质资源与地质工程 |
| 北京 | 中国矿业大学(北京) | 安全科学与工程、矿业工程 |
| 北京 | 中国石油大学(北京) | 石油与天然气工程、地质资源与地质工程 |
| 北京 | 中国政法大学 | 法学 |
| 北京 | 中央财经大学 | 应用经济学 |
| 北京 | 华北电力大学 | 电气工程(自定) |
| 天津(2所) | 南开大学 | 世界史、数学、化学、统计学、材料科学与工程 |
| 天津 | 天津大学 | 化学、材料科学与工程、化学工程与技术、管理科学与工程 |
